指定不同的变异不同群体在“sbiofit”

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你好,
有可能为不同群体在使用指定不同的变体的sbiofit函数代码?从文档,似乎“sbiofit”只支持一组变量的规范适用于所有的组织。万博1manbetx
谢谢你!
Abed Alnaif

接受的答案

Sietse Braakman
Sietse Braakman 2019年7月22日
嗨,在床上,
我们得到这个问题经常——目前最好的方法是通过使用剂量。你要做的:
  1. 在你的数据集:为每个参数创建一个列在你的数据集你想改变。为每个数据集,赋值的参数在t = 0。例如:你有一个列“Dose_ka”值3 t = 0,和南(清空)。如果您有许多参数需要赋值,你可以通过出口自动化这个数据集从SimBiology退出
  2. 在你的模型:创建一个虚拟的物种,例如。“Dose_ka”。然后创建一个重复赋值(初始分配不会工作!)分配的价值Dose_ka ka的参数。所以重复赋值规则应该读卡= Dose_ka。这是假设你是一个参数指定一个值或一个隔间。如果你想将一个初始值分配给一个物种,你当然可以只是剂量的物种在t = 0(确保模型初始条件的值是0)。
  3. 在你合适的任务/ sbiofit:地图的剂量列Dose_ka物种Dose_ka在您的模型。
另一个解决方案可能是——但这是更多的参与到创建一个模型组件simfunction你指定你想要改变的值,定义自己的目标函数,通过优化完成。在这种情况下,你基本上是做sbiofit做的工作给你。
我们注意到这个用例,在这里谢谢你的关心!
如果你有进一步的问题,请让我们知道。
最好的,
Sietse
6个评论
Sietse Braakman
Sietse Braakman 2019年10月3日
要记住的一件事:如果您正在使用这个赋值到一个隔间,您需要确保dosing-species的初始值是零,以避免被零除的问题(这些将导致警告nan和正当您运行模拟时)。

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