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树状图

説明

树状图()は,階層型バイナリクラスターツリーの系統樹を生成します。系統樹は,階層ツリー内のデータ点を結合する複数のU形の線で構成されます。各U字の高さは,結合されている2つのデータ点の距離を表します。

  • 元のデータセットのデータ点が30個以下の場合,系統樹内の各葉ノードは1つのデータ点に対応します。

  • データ点の数が30個を超える場合,树状图は葉ノードの数が30になるように下の方の分岐を折りたたみます。結果的に,プロットの一部の葉は,複数のデータ点に対応することになります。

树状图(,名称,值)是的

树状图(,P)は,葉ノードの数がP個以下の系統樹を生成します。元のデータセットのデータ点の数がP個を超える場合,树状图はツリーの下の方の分岐を折りたたみます。結果的に,プロットの一部の葉は,複数のデータ点に対応することになります。

树状图(,P,名称,值)是的

H=树状图(___)は,系統樹を生成してラインハンドルのベクトルを返します。前の構文の入力引数のいずれも使用できます。

(H,T,outperm)=系统树图(___)は、元のデータセットの各オブジェクトの葉ノード数Tを含むベクトルおよび、系統樹に示される葉のノード ラベルの順序を指定するベクトルoutpermも返します。

  • 葉ノード数Pがデータ点の総数より少なく,表示される葉ノードの一部が複数のデータ点を表す場合はTを返すと便利です。

  • outpermで返されるノード ラベルの順序は、横型の系統樹では左から右、縦型の系統樹では下から上の順になります。

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標本データを生成します。

rng公司('默认')%再现性X =兰德(10,3);

链接を使用して,階層バイナリクラスターツリーを作成します。その後,既定のオプションを使用して系統樹をプロットします。

树=连杆(X,“平均”);figure()树状图(树)

標本データを生成します。

rng公司('默认')%再现性X =兰德(10,3);

链接を使用して,階層バイナリクラスターツリーを作成します。

树=连杆(X,“平均”);D = pdist (X);leafOrder = optimalleaforder(树,D)
leafOrder =1×103 7 6 1 4 9 5 8 10 2

最適な葉ノードの順序を使用して系統樹をプロットします。

图()系统树图(树,“重新排序”leafOrder)

系統樹プロットの葉ノードの順序は、leafOrderの順列に対応して左から右の順になります。

標本データを生成します。

rng公司('默认')%再现性X=兰特(100,2);

元のデータセット100年には個のデータ点があります。

链接を使用して,階層バイナリクラスターツリーを作成します。その後,入力引数P0に設定して,ツリー全体(100個の葉ノード)の系統樹をプロットします。

树=连杆(X,“平均”);系统树图(树,0)

これで25個の葉ノードを含む系統樹をプロットします。図に表示された葉ノードと元のデータ点とのマッピングを返します。

图[~,T] =树状图(tree,25);

統樹の葉ノード7に含まれるのデータをリストします

找到(T = = 7)
ans =7×17 33 60 70 74 76 86号

標本データを生成します。

rng公司('默认')%再现性X =兰德(10,3);

链接を使用して,階層バイナリクラスターツリーを作成します。次に,既定の色のしきい値を使用して垂直の向きで系統樹をプロットします。ラインのハンドルが返されて,系統樹のラインの幅を変更できます。

树=连杆(X,“平均”);H =系统树图(树,'方向','左',“ColorThreshold”,'默认');集(H,“线宽”,2)

入力引数

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階層バイナリクラスタ゘ツリーは(M-1)3列の列として指れます.この列は链接を使って生成しますmは元のデータセットに含まれるデータ点の数です。

正の整数値として指定される,系統樹に含められる葉ノードの最大的数。

  • 元のデータセットのデータ点がP個以下の場合,系統樹内の各葉は1つのデータ点に対応します。

  • データ点の数がP個を超える場合,树状图は葉ノードの数がPになるように下の方の分岐を折りたたみます。結果的に,プロットの一部の葉は,複数のデータ点に対応することになります。

    Pを指定しない場合,树状图は葉ノードの最大数として30を使用します。系統樹全体を表示するには,P0に設定します。

データ型:|

名前と値のペアの引数

オプションの名称,值引数のコンマ区切りペアを指定します。的名字は引数名で,价值は対応する値です。的名字は引用符で囲まなければなりません。名称1,值1,…,名称n,值nのように、複数の名前と値のペアの引数を、任意の順番で指定できます。

例:“定位”,“左”,“排序”,myOrderは,myOrderで指定された順序の葉ノードをもつ縦型の系統樹を指定します。

系統樹の葉ノードの順序は、コンマ区切りのペアとして指定され、“重新排序”およびツリー全体における葉の順序を指定するベクトルで構成されます。順序ベクトルはベクトル1:Mの順列でなければなりません。ここでMは元のデータセットのデータ点の数です。ノードの順序は,横型の系統樹では左から右,縦型の系統樹では下から上に指定します。

Mが系統樹の葉ノードの数P(既定値は30)を超えている場合は,折りたたまれたノードに一致する葉のグループを分離しない順列ベクトルのみを指定できます。

データ型:|

系統樹に交差分岐があるか確認するかどうかのインジケーター。“CheckCrossing”および真的またはで構成されるコンマ区切りのペアとして指定します。このオプションは,重新排序の値を指定したときにのみ有用です。

CheckCrossingの値を真的に設定すると、葉ノードの順序によって図内に交差分岐が発生すると、树状图によって警告が表示されます。元のデータセットのデータ点の数がPより大きいため,系統樹にツリー全体が表示されない場合,葉ノードの順序によって図に表示された系統樹で分岐が交差する際にのみ树状图は警告を発します。したがって、葉ノードの順序によってツリー全体で交差分岐が発生しても、それが系統樹の図に表示された部分でない場合は、警告は表示されません。

データ型:逻辑

系統樹の一意な色のしきい値。“ColorThreshold”'默认'または範囲(0,最大值(树(:,3)))のスカラー値から構成されるコンマ区切りのペアとして指定します。颜色阈值の値がTの場合,树状图は,系統樹内の連結距離がTより小さいノードをまとめた各グループに一意の色を割り当てます。

  • 颜色阈值の値が'默认'の場合,しきい値Tは最大連結距離の70%,最大0.7*3(树(:,3))です。

  • 颜色阈值の値を指定しない場合や,(0,最大值(树(:,3)))の範囲外のしきい値を指定する場合,树状图はぽ樹に1のみを使します

图ウィンドウの統樹の向きき'方向'と以下のいずれかの値から構成されるコンマ区切りのペアとして指定します。

“高级” 上から下
“底” 下から上
'左' 左から右
'对' 右から左

元のデータセットにおける各データ点のラベル。“标签”と文字配列,弦配列,または文字ベクトルの细胞配列から構成されるコンマ区切りのペアとして指定します。树状图は,単一のデータ点が含まれている系統樹プロット内の葉に,そのデータ点のラベルを付けます。

出力引数

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ベクトルとして返される,系統樹のラインのハンドル。

元のデータセットにある各データ点の葉ノードの数であり,Mの列ベクトルとして長さが返されます。ここでMは元のデータセットのデータ点の数です。

元のデータセットにあるデータ点の数がPに満たない場合(Pの既定値は30です),系統樹にすべてのデータ点が表示され,各ノードに単一のデータ点が含まれます。その場合,Tは恒等写像T = (1: M) 'になります。

Tは,Pがデータ点の総数より少ない場合に便利です。つまり、系統樹に表示された一部の葉ノードが複数のデータ点に対応する場合です。たとえば、系統樹の葉ノードkにどのデータ点が含まれているかを確認するには,查找(T==k)を使用します。

行ベクトルとして返される,系統樹の図に表示された葉ノードのラベルの順列。outpermは,横型の系統樹では左から右,縦型の系統樹では下から上の順序を指定します。系統樹にP個の葉がある場合,outpermはベクトル1:Pの順列になります。

R2006aより前に導