从三维胸部扫描中分割肺并计算肺体积
这个例子展示了如何使用活动轮廓(蛇)执行3-D分割，并使用Volume Viewer应用程序查看结果。
准备数据
本部分示例将人体胸部CT扫描数据加载到MATLAB工作空间中。要运行此示例，必须使用Add-Ons Explorer从MathWorks下载示例数据。看到使用Add-Ons资源管理器安装示例数据．
将三维体积CT扫描数据加载到MATLAB工作空间。
负载chestVolume谁
名称大小字节类属性V 512x512x318 166723584 int16
转换CT扫描数据int16来单使之间的值规范化[0 1]．
V = im2single(V);谁
名称大小字节类属性V 512x512x318 333447168单个
使用体积查看器应用程序可视化胸部扫描。
volumeViewer (V)
第一步:分割肺
这部分示例展示了如何使用主动轮廓技术在CT扫描数据中分割肺部。这是一种需要初始种子点的区域生长算法。这个例子使用Image Segmenter应用程序通过分割两个正交的2-D切片来创建这个种子蒙版，一个在XY平面上，另一个在XZ平面上。然后，该示例将这两个片段插入到3-D掩码中。实例将此掩码传递给activecontour功能，以创建一个三维分割的肺部在胸腔。(本例使用活动轮廓方法，但您可以使用其他分割技术来实现相同的目标，例如，洪水填充。)
提取XY和XZ维度上的中心切片。
Xy = v (:，:，160);XZ =挤压(V(256，:，:));
可视化2-D切片使用imshow函数。
figure, imshow(XY， []);figure, imshow(XZ， []);
在图像分割器应用程序中打开XY切片，然后单击阈值开始分割过程。
imageSegmenter (XY)
在“阈值”选项卡上，选择手动阈值然后移动阈值滑动块来调整分割，直到肺部看起来轮廓清晰。如果其他对象在阈值区域中出现分段，则没问题。点击创建面具保存结果。
在“分段”选项卡上，单击反掩码以分割的肺为前景。切除除肺以外的所有分节部分。因为这些都接触边缘，使用清晰的边界选项，删除它们。然后用填充物填满肺部出现的小孔填补选择。
使用侵蚀去除分割的小的无关区域。点击形态在形态学选项卡上，单击侵蚀面具从操作选择。处理完成后，单击应用．图像的分割部分从蓝色变成黄色。然后关闭形态学选项卡。在“分段”选项卡上，单击显示二进制查看所创建的掩码。单击，保存掩码出口并将最后的分割保存在名称下mask_XY．
使用相同的过程分割XZ片。在图像分割器应用程序中打开XZ切片。选择阈值．对于这个图像，您可以使用全局阈值选项。点击创建面具．在“分段”选项卡上，单击反掩码让肺成为前景。点击清晰的边界选项，以删除包含在阈值中的无关区域。用填充物填满肺部的小孔填补选择。若要移除剩下的非肺的小分段区域，请单击形态并选择侵蚀面具．扩大半径，直到这些多余的区域消失。点击应用并关闭形态学选项卡。在“分段”选项卡上，单击显示二进制查看所创建的掩码。点击出口并将最后的分割保存在名称下mask_XZ．
创建一个3-D种子蒙版，用于activecontour函数。首先，创建一个与输入卷和插入卷大小相同的逻辑3-D卷mask_XY而且mask_XY在适当的空间位置。
掩码= false(大小(V));mask(:，:， 160) = mask_XY;面具(256 , :, :) = 面具(256年:,:)|重塑(mask_XZ (512, 318));
使用活动轮廓法对肺部进行三维分割。这可能需要几分钟。要获得高质量的分割，使用histeq将体素值分布在可用范围内。
V = histeq(V);BW = activecontour(V,mask,100，“Chan-Vese”）;segmentedImage = V.*single(BW);
在体积查看器应用程序中查看分割的肺。使用渲染编辑器中的alphamap plot来操作不透明度映射，直到获得肺的良好视图。
volumeViewer (segmentedImage);
步骤2:计算分割肺的体积
在本例的这一部分中，使用regionprops计算肺体积(面积)的函数。
计算肺的面积使用regionprops函数与“区域”选择。
volLungsPixels = regionprops3(logical(BW)，“体积”）;
属性中的体素间距x，y,z维度。(从前面的文件元数据中收集。)
xSpacing = 0.76;%(毫米)ySpacing = 0.76;%(毫米)zSpacing = 1.25;%(毫米)
计算肺活量，单位为升。
volLungs1 = volLungsPixels.Volume(1)*0.76*0.76*1.25*1e-6;volLungs2 = volLungsPixels.Volume(2)*0.76*0.76*1.25*1e-6;vollungsll = volLungs1 + volLungs2;
vollungs公升= 6.7157
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