gQSPSim是一个基于gui的MATLAB®应用程序,执行关键步骤QSP模型开发和分析,包括:
1)模型校准使用全局和局部优化方法
2)开发的虚拟对象代表生物学探索可变性和不确定性
3)模拟虚拟人群不同的干预措施。
gQSPSim与SimBiology®制造模型,利用组件(如物种,剂量,变体,和规则。所有的功能都配备一个交互式可视化界面和生成presentation-ready数据的能力。此外,标准化gQSPSim会话可以共享或保存为未来的扩展和重用。
源代码和案例研究中引用github帐户。gQSPSim的描述和案例研究的发表题为“gQSPSim:一个GUI应用程序基于SimBiology®标准化QSP模型发展
和应用程序”。
产品说明:
1)你的电脑上安装2018 Matlab。Matlab不兼容以前的版本和我们还没有测试这个应用程序在2018 b或更高版本。
2)安装GUI布局工具箱(//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/47982-gui-layout-toolbox)
3)参见以下链接获取支持的编译器的Mac和PC用户列表(万博1manbetx//www.tianjin-qmedu.com/content/dam/mathworks/mathworks-dot-com/万博1manbetxsupport/sysreq/files/SystemRequirements-Release2018a_SupportedCompilers.pdf)
3)对于Mac用户来说,安装xcode。
•3 b) PC用户,安装一个支持的编译器(lcc-win64或MinGW 5万博1manbetx.3 C / c++或Microsoft Visual c++)
4)一旦安装编译器,打开Matlab,运行以下命令
c•墨西哥人设置
•墨西哥人设置c++
5)检查编译器已成功在你的电脑配置,运行以下命令:
•modelObj = sbmlimport(“洛特卡”);
•em =出口(modelObj)
•加快(em);
•em.isAccelerated
答案应该是1
在Windows上支持长文件名
1)启动注册表编辑器(regedit.exe)
2)导航到HKEY_LOCAL_MACHINE \ SYSTEM \ CurrentControlSet \ \文件系统控制
3)双击LongPathsEnabled
4)设置为1,然后单击OK
5)重新启动
解压缩的案例研究在Windows Zip文件
1)下载并安装7 - ziphttps://www.7-zip.org/
2)使用7 - zip解压案例研究的zip文件
gQSPSim安装:
1)解压gQSPSim。邮政在主目录
2)打开Matlab
3)到主目录/ gQSPsim /应用程序
4)运行QSPapp
引用作为
Iraj Hosseini (2023)。gQSPSimGitHub (https://github.com/feigelman/gQSPsim-release)。检索。
MATLAB版本兼容性
平台的兼容性
窗户 macOS Linux标签
确认
启发:GUI布局工具箱,xlwrite:生成XLS (X)文件没有Excel在Mac / Linux /赢,raacampbell / shadedErrorBar,小提琴的阴谋策划多个发行版(distributionPlot.m)
社区
FromGenentech
标志
应用程序
应用程序/ + QSP
app / + QSP / +抽象
app / + QSP / @CohortGeneration
app / + QSP / @ model
app / + QSP / @Optimization
app / + QSP / @OptimizationData
app / + QSP / @ phase
app / + QSP / @PlotSettings
app / + QSP / @Profile
app / + QSP / @ session
app / + QSP / @Settings
app / + QSP / @Simulation
app / + QSP / @SpeciesData
app / + QSP / @Task
app / + QSP / @TaskGroup
app / + QSP / @TaskVirtualPopulation
app / + QSP / @VirtualPopulation
app / + QSP / @VirtualPopulationData
app / + QSP / @VirtualPopulationGeneration
app / + QSP / @VirtualPopulationGenerationData
应用程序/ + QSPViewer
app / + QSPViewer / @App
app / + QSPViewer / @CohortGeneration
app / + QSPViewer / @Optimization
app / + QSPViewer / @OptimizationData
app / + QSPViewer / @ phase
app / + QSPViewer / @ session
app / + QSPViewer / @Simulation
app / + QSPViewer / @Task
app / + QSPViewer / @VirtualPopulation
app / + QSPViewer / @VirtualPopulationData
app / + QSPViewer / @VirtualPopulationGeneration
app / + QSPViewer / @VirtualPopulationGenerationData
app / + uix / +抽象
应用程序/ + uix / + mixin
app / + uix / +实用程序
app / + uix / +小部件
app / 20130227 _xlwrite
应用程序/实用程序
案例研究/ CaseStudy_aPCSK9 aPCSK9_v7_MES_blank / Plotting_validation
案例研究/ CaseStudy_aPCSK9 / aPCSK9_v7_MES_blank / UDF
案例研究/ CaseStudy_aPCSK9 aPCSK9_v7_MES_complete / Plotting_validation
案例研究/ CaseStudy_aPCSK9 / aPCSK9_v7_MES_complete / UDF
公用事业公司
工具/ 20130227 _xlwrite / 20130227 _xlwrite
版本使用GitHub缺省分支不能下载
| 版本 | 发表 | 发布说明 | |
|---|---|---|---|
| 1.0.2中 | -补充说明如何安装/运行应用程序 |
|
|
| 1.0.1 | 现在有链接到GitHub库。 |
|
|
| 1.0.0 |
